El rodaje principal comenzó el 16 de marzo de 2020 en los estudios Babelsberg, cerca de Berlín (Alemania). El 16 de septiembre de 2020, el rodaje se trasladó a Berlín y se publicaron fotos del rodaje en Internet. A principios de octubre de 2020, el rodaje tuvo lugar en Alicante y Valencia, España, incluida la ciudad costera de Jávea. El 23 de octubre de 2020, Holland terminó de rodar sus escenas, antes de que la producción finalizara el 29 de octubre en Barcelona. En julio de 2021, se volvió a rodar la película en Madrid.
Iglesia Santa Maria del Pi
En película
Escena en la que Victor, Nathan y Chloe visitan la iglesia para buscar el tesoro de Magallanes.
Horario: 00:00:00
Real
La escena se rodó en la verdadera Santa Maria del Pi, esta iglesia existe y está situada en el centro de Barcelona.
Barcelona
Santa Maria del Pi
Palacio Nacional de Barcelona
En película
Escena en la que Nathan conoce a Chloe, comienza la persecución.
Horario: 00:00:00
Real
La escena se rodó en lo alto de la cascada de fuentes del Palacio Nacional de Barcelona, es una de estas fuentes en la que cae Drake durante la persecución. El encuentro propiamente dicho tiene lugar en un edificio situado justo en la base del palacio. Es desde una de estas columnas desde donde Drake salta a los tejados de tejas.
Barcelona
Nacional de Barcelona
Isla desconocida de Filipinas
En película
Escena en la que Nathan busca un lugar secreto donde se esconden los tesoros de Magallanes
Horario: 00:00:00
Real
La escena se rodó en España, en Alicante, en la Costa Blanca. Aún no se han encontrado las coordenadas exactas.
Barcelona
Estudios Babelsberg
En película
Escena en la que Nathan se desploma fuera del avión e intenta subir de nuevo por las cajas.
Horario: 00:00:00
Real
La escena se rodó con el avión se rodó en el estudio y para ello construyeron robots especiales que controlaban las cajas. Todo el montaje tenía 10 metros de altura y Tom Holland dijo en una entrevista que hacer acrobacias y saltar por encima de las cajas daba bastante miedo.
Potsdam
